Участие във военни мисии

През 2000 г. той предприема първата си задгранична мисия в бежанския лагер в Радуша, Македония. Задачата е медицинско осигуряване на бежанци.

Мутафчийски оглавява и екипа за медицинска евакуация, който тръгва за Ирак след атентата в Кербала през 2003 г., когато бяха ранени над 60 български войници, а петима от тях загинаха. Ранените българи са били разпръснати в различни болници, а петима души в най-тежко състояние са откарани в болницата в Ландщул, Германия. Проф. Мутафчийски е пратен да ги прибере. Докато се стабилизират, минават 3 седмици, а за един от ранените не е било сигурно дали ще издържи полета.