Флавоноидите в прополиса са една от главните му целебни субстанции, която се препоръчва в лечението на над 40 заболявания. Главният лечебен ефект е насочен към капилярната система и състоянието на съдовете. Той оказва добро съдоразширяващо действие, има диуретичен и жлъчогонен ефект. Освен това прополисът влияе благотворно върху жлезите с вътрешна секреция като щитовидна жлеза, тимус, надбъбречни жлези, панкреас. Външно приложен прополис се използва за лечение на гнойни, травматични рани, екземи и изгаряния.