Мирта трябва да се прилага внимателно, за препоръчване под лекарско наблюдение, тъй като може да причини някои сериозни странични ефекти, особено ако се прилага в по-високи от препоръчваните дози, както и продължително време. Сред най-честите нежелани реакции на растението са гадене и повръщане. По-рядко може да се причини увреждане на черния дроб.

Мирта трябва да се избягва по време на бременност и кърмене, тъй като ефектите ѝ в тези случаи не са проучени достатъчно и може да се предизвика увреждане на плода.

Поради високото съдържание на танини, които повишават нивата на натрия в тялото, приемът на мирта може да предизвика увеличаване на задържаните течности в организма и да предизвика повишаване на кръвното налягане. Ето защо растението трябва да се избягва от хора, страдащи от високо кръвно налягане и склонност към задържане на течности.