Менгеле бил герой във войната - Менегеле бил отдаден нацист и се присъединил към армията веднага щом взел докторската си степен. Когато Втората световна война избухнала, той бил изпратен на източния фронт като офицер, за да се бие срещу Червената армия на СССР. Получил медал за храброст, проявена по време на битка в Украйна през 1941г. Година по-късно спасил двама немски войници от горящ танк. Това му спечелило дори още по-голямо отличие – Железен кръст I клас. За съжаление бил тежко ранен в едно сражение и бил обявен за „неспособен” да се бие и го върнали в Германия.